Фамилия Чубачин образована от прозвища Чубач, а корень у него — «чуб». В русских говорах чубачом называли человека с заметным, длинным или торчащим чубом. Прозвище могли дать и тому, кто носил характерную причёску, и тому, у кого волосы росли особенно густо или непослушно. В некоторых диалектах слово «чубатый» означало «хохлатый», что тоже могло стать основой для прозвища.

Интересна модель фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чубачин буквально значит «сын Чубача» или «человек из семьи Чубача». Это типичная для северных и центральных областей России форма, в отличие от южных фамилий на -енко или западных на -ович. Если бы прозвище звучало как Чубач, то фамилия могла бы стать Чубачёв, но вариант Чубачин встречается реже и говорит о более архаичной или диалектной основе.

Географически фамилия Чубачин редкая. Встречается в основном на юге России — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также на Украине. Это может указывать на украинское или донское казачье происхождение, где слово «чуб» имело особое значение: оселедец — длинный чуб, который носили запорожские казаки. В таком случае Чубач — прозвище казака, который брил голову, оставляя лишь один длинный чуб.

Спорных версий немного. Иногда корень «чуб» путают с тюркским «чоба» (пастух) или «чубар» (пёстрый), но для фамилии Чубачин это маловероятно: суффикс -ин и фонетика не подтверждают заимствование. Правдоподобнее всего — прозвище по внешнему признаку, которое закрепилось за родом в XVI–XVII веках, когда на Руси активно формировались фамилии. Сословно Чубачины могли быть как крестьянами, так и казаками, но точных данных о дворянском происхождении нет.