Фамилия Чубахина — женская форма мужской фамилии Чубахин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, а не с крестильным именем. В основе лежит слово «чуб» — прядь волос, хохол, оселедец, который носили запорожские казаки. Однако суффикс «-ах» (Чуб-ах-а) указывает не на обладателя чуба, а скорее на его отсутствие или утрату: в русских говорах «чубаха» — это тот, у кого чуба нет, лысый или бритый человек. Так могли прозвать обритого пленного, ссыльного или просто того, кто по каким-то причинам лишился волос.

Фамилия Чубахин, а значит и Чубахина, относится к типично русскому типу на «-ин», который образуется от основ на «-а»: Чубаха → Чубахин. По модели словообразования она близка к фамилиям Голохин (от «голый»), Лысихин или Безбородин — все они описывают внешний признак или его отсутствие. В отличие от фамилий на «-ов», которые часто образовывались от полных имён, «-ин» чаще прикреплялся к прозвищам, бытовым и нередко ироничным.

Географически фамилия Чубахин тяготеет к южным и центральным регионам России — Воронежской, Ростовской, Тамбовской областям, где исторически было сильно казачье влияние. В этих местах прозвище «чубаха» могло получить двоякое значение: с одной стороны, намёк на «чуб» как казачий атрибут, с другой — на его отсутствие как знак наказания или принадлежности к иному сословию.

В ономастике нет единого мнения, считать ли фамилию «казачьей» по происхождению. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит подобные образования к разряду прозвищных, без сословной привязки. Более правдоподобно, что Чубахины — это потомки крестьян или однодворцев, получивших прозвище за внешность, а не за службу. Встречается и версия о связи с диалектным «чубатый» — косматый, лохматый, но она слабее, так как суффикс «-ах» в прозвищах обычно указывает на нетипичность признака, а не на его избыток.

Таким образом, фамилия Чубахина — это память о конкретном человеке, которого в деревне прозвали Чубахой: возможно, лысого, возможно — обритого наголо после болезни или наказания. Никакого «чуба» у него, скорее всего, не было.