Фамилия Чубаха происходит от прозвища, образованного от слова «чуб» — прядь волос, хохол, оселедец. В русских говорах «чуб» имел и переносные значения: так могли называть заносчивого, чванливого человека или, напротив, того, кто носил характерную причёску — длинный клок волос на бритой голове. Такая причёска была распространена у запорожских казаков, поэтому прозвище Чубаха могло изначально указывать на принадлежность к казачьему сословию или на внешний облик человека.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Обычно русские фамилии образуются суффиксами -ов/-ев, -ин, -ский. Здесь же мы видим окончание -а, характерное для украинских и белорусских фамилий (сравните: Шевченко, Довгаль, Чубаха). Суффикс -ах- в фамилии Чубаха — редкий, он встречается в западнорусских и украинских говорах и придаёт слову оттенок увеличительности или пренебрежения: Чубаха — «тот, у кого большой чуб» или «человек с чубами». Это указывает на юго-западное происхождение фамилии, вероятнее всего, с территории современной Украины или Беларуси.

В ономастическом словаре Бориса Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели (основа + -аха) рассматриваются как характерные для украинской антропонимии. Фамилия Чубаха могла закрепиться в форме прозвища без дополнительных суффиксов, что типично для ранних этапов формирования фамилий в XVII–XVIII веках. Встречается также вариант Чубахин, где уже добавился русский суффикс -ин, адаптирующий фамилию к северорусской модели.

Географически фамилия Чубаха чаще всего фиксируется в исторических документах Черниговской, Полтавской и Киевской губерний, а также в казачьих реестрах Запорожской Сечи. В современной России носители фамилии встречаются в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда переселялись запорожские и малороссийские казаки после ликвидации Сечи.

Однокоренные фамилии — Чубаров, Чубатый, Чубатенко — образованы от той же основы, но по разным моделям. Чубаха стоит особняком: она сохранила исходное прозвище почти без изменений, что делает её ценной для историков языка как пример живой народной номинации.