Фамилия Чубарина — женская форма, а её мужской вариант Чубарин. В основе, скорее всего, лежит прозвище Чубар, которое давали человеку с приметной внешностью. «Чубарый» в русских говорах означал «пёстрый», «рябой», а чаще — «с пятнами другого цвета» (обычно о масти лошади: чубарой называли лошадь в тёмных яблоках на светлой шерсти). Человека могли прозвать Чубарым за веснушки, неоднородный цвет лица или волос, а также за пёструю одежду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чубарин — это «сын Чубара» или «человек из семьи Чубара». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я (сравните: Борода — Бородин, Синица — Синицын). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на согласный, -ин чётко привязывает носителя к конкретному предку с прозвищем Чубар.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с украинским или южнорусским словом «чуб» (хохол, прядь волос). В таком случае Чубар могло быть прозвищем человека с длинным чубом, а Чубарин — его потомком. Однако форма «Чубар» встречается в документах реже, чем «Чубарый», поэтому версия с пёстрой мастью выглядит убедительнее.

Географически фамилия Чубарин редкая, встречается в центральных и южных областях России, а также на Украине. В дореволюционных переписях её носители чаще всего числились крестьянами или мещанами — фамилия недворянская, образовалась в среде, где прозвища давали по внешним признакам. Ономастические словари, в частности работы Б. Унбегауна, относят подобные фамилии к группе «прозвищных», возникших в XVI–XVII веках, когда закрепилась модель «прозвище + -ин».