Фамилия Чубайкин — один из тех случаев, когда внешняя простота обманчива. На первый взгляд кажется, что всё ясно: основа «чуб» и суффикс -айк-ин. Но на деле здесь скрестились два разных словообразовательных механизма, и разобраться в них стоит по порядку.

Самая прямая и очевидная версия — отчество от прозвища Чубайка. А прозвище это, в свою очередь, образовано от слова «чуб» — прядь волос, хохол, вихор. В старину чубами особенно славились запорожские казаки (оселедец), но и в великорусских землях «чубом» называли длинную прядь, которую носили на бритой голове или просто торчащий вихор. Прозвище Чубайка могли дать человеку с заметной, характерной причёской — либо тому, кто её постоянно поправлял, либо, наоборот, неряхе с вечно торчащими волосами. Суффикс -айк- в этом случае — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный (сравните: Ваня — Ванька, Саня — Санька, отсюда Чуб — Чубайка). Таким образом, Чубайкин — буквально «сын Чубайки».

Однако есть и другая, более тонкая версия, на которой настаивают некоторые ономасты. Суффикс -айк- мог быть не уменьшительным, а глагольным. В русских говорах существовал глагол «чубайкать» — бить, колотить, хлестать (обычно по чему-то мягкому или в переносном смысле — бранить). В этом случае прозвище Чубайка получал человек драчливый или, наоборот, тот, кого часто били. В пользу этой версии говорит то, что фамилия распространена не только в южных, казачьих областях, но и на севере, где «чуб» как деталь причёски был не так популярен. Сравните с фамилиями типа Долбайкин или Ломайкин — там глагольная основа очевидна.

Географически фамилия Чубайкин встречается не слишком часто, но имеет устойчивые очаги. Она известна в бывших владимирских и ярославских землях, а также на Урале. Это говорит о том, что фамилия не была привязана к какому-то одному сословию: её могли носить и крестьяне, и посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано — это однозначно «народная» фамилия, возникшая в среде, где личное прозвище легко переходило в фамилию детей.

С точки зрения модели, фамилия Чубайкин — типичный пример «усечённого» отчества. Полная форма звучала бы как «Чубайкин сын» или «Чубайкины дети». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Чубайкин. Это архаичная, но живая модель, которая в русском языке конкурировала с более поздней моделью на -ов/-ев. В итоге Чубайкин — это не «потомок Чуба» напрямую, а потомок того, кого звали Чубайка.