Фамилия Чученкин образована по типичной для русских фамилий модели: основа плюс суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность — «чей?» — и обычно крепится к основе, оканчивающейся на -а или -я. В основе здесь лежит личное имя или прозвище Чученка, Чученок. Такие уменьшительные формы с суффиксом -енк(а) были распространены в южнорусских и украинских говорах, где -енко означало «маленький, молодой». Фамилия Чученкин, таким образом, — это «сын Чученки» или «потомок Чученки».

Корень «чуч-» в русских говорах многозначен. В диалектах «чуча» или «чучка» могло означать нечто маленькое, невзрачное, а также использоваться как прозвище для человека с необычной внешностью или поведением. В некоторых областях «чучка» — это свинья, поросенок, но в прозвищах такое сравнение редко было прямым оскорблением, скорее шутливым указанием на полноту или неуклюжесть. Есть и другая версия: «чуча» — это название птицы (например, чибиса) или детская игрушка, кукла. В этом случае прозвище могли дать человеку маленького роста или тому, кто любил наряжаться.

Интересно, что фамилия Чученкин встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. Это не очень распространенная фамилия, что говорит о ее локальном происхождении — скорее всего, она пошла из одной или нескольких соседних деревень. Поскольку суффикс -енк- типичен для украинской антропонимии, можно предположить, что предок носителя фамилии был выходцем с Украины или из южнорусских земель, где такие формы имен были в ходу. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто давались по отцу (Иван — Иванов), фамилии на -ин могли фиксировать прозвище самого первого носителя, а не его отца.

Версия о происхождении от слова «чучело» (пугало) маловероятна: в говорах «чучело» звучало иначе, и словообразовательная цепочка «чучело — чученка — Чученкин» выглядит натянутой. Более правдоподобно, что прозвище Чученка относилось к человеку с нестандартной внешностью или повадками, но без резко отрицательного оттенка — скорее как бытовое, деревенское прозвание.