Фамилия Чухинский — редкий пример фамилии на -ский, образованной не от географического названия, а от прозвища или этнического имени. Формально суффикс -ский указывает на дворянское или польское происхождение, но в данном случае это, скорее, результат позднейшего оформления фамилии по «благородному» образцу, что нередко встречалось у крестьян и мещан западных губерний Российской империи.

Основа фамилии — «чухин» или «чухна». В русских говорах «чухна», «чухонец» — старинное, ныне устаревшее и просторечное название финно-угорских народов, прежде всего финнов-ингерманландцев и эстонцев. Слово происходит от древнерусского «чудь» (собирательное название прибалтийско-финских племен) и не несло изначально резко оскорбительного оттенка, хотя к XIX веку стало восприниматься как пренебрежительное. Таким образом, родоначальник Чухинских мог получить прозвище Чухна за внешность, говор или место жительства по соседству с финскими или эстонскими поселениями.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу: Псковская, Новгородская, Ленинградская области, а также Беларусь и Польша. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от названия конкретного хутора или деревни, где жили «чухинцы». Версия о том, что Чухинский — это топонимическая фамилия от села Чухино или Чухинка, тоже правдоподобна, но такие названия вторичны и восходят к тому же прозвищу.

Модель образования проста: прозвище Чухин (с патронимическим суффиксом -ин, означающим «сын Чухны») плюс фамильный суффикс -ский. В итоге Чухинский буквально означает «принадлежащий к роду Чухиных» или «выходец из местности, связанной с Чухиным». В отличие от фамилий Чухин или Чухнов, форма на -ский подчеркивает не столько родство, сколько сословную или региональную идентификацию — так могли записать в документах однодворца или государственного крестьянина, желавшего звучать «по-шляхетски».