Фамилия Чухнаин — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычная основа. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Чухнаин, то есть сын или потомок Чухны. Вопрос упирается в то, что такое «Чухна» и откуда взялось это прозвище.

Здесь есть две основные версии, и обе ведут в одну историческую область. Первая: «чухна» — старинное, неофициальное прозвище прибалтийско-финских народов (в основном эстонцев, ижоры или води) на северо-западе Руси. В новгородских землях и в Петербургской губернии так называли крестьян из «чухонцев» — слово ходило в быту, без особой грубости, скорее как прозвище по этническому признаку. Если предка прозвали Чухной, значит, он мог быть выходцем из этих мест или чем-то напоминать местным жителям «чухонца» — говором, обычаями.

Вторая версия — от диалектного глагола «чухнать» или «чухать», что в некоторых говорах означает «чесать, скрести» или «чуять, нюхать». Прозвище Чухна могли дать человеку с какой-то характерной привычкой: например, он постоянно чесался или, наоборот, обладал тонким обонянием. Но эта версия менее вероятна: географически фамилия Чухнаин явно тяготеет к северо-западу России, где слово «чухна» как обозначение народа было широко известно. Кроме того, существует однокоренная фамилия Чухнин, что подтверждает живую прозвищную модель.

Суффикс -ин здесь не случаен: он типичен для фамилий, образованных от слов на -а. В отличие от фамилий на -ов, которые часто давали по отцу (Иван — Иванов), -ин чаще указывает на прямое прозвище человека. Чухнаин — буквально «сын Чухны». Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская, без дворянского корня. Встречается она нечасто, и её носители, вероятно, ведут род из районов бывшей Новгородской или Псковской губерний, где контакт с финно-угорским населением был повседневностью.