Фамилия Чухненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», стал основным способом формирования фамилий в XVII—XVIII веках, особенно на Левобережной Украине и Слобожанщине. Чухненко, таким образом, буквально значит «сын Чухны» или «потомок Чухны».

Основа фамилии — прозвище Чухна. Его происхождение неоднозначно, и здесь стоит рассмотреть две основные версии. Первая, наиболее вероятная, связывает прозвище с этнонимом «чухна» — так в русских говорах, особенно на северо-западе, пренебрежительно называли представителей финно-угорских народов (в первую очередь эстонцев, ижору, водь). Прозвище мог получить человек, внешне напоминавший этих соседей, говоривший с характерным акцентом или переселившийся из тех краёв. Вторая версия отталкивается от диалектного глагола «чухнуть» — ударить, стукнуть, или «чухать» — чесать, скрести. В этом случае Чухной могли прозвать драчуна, непоседу или человека с привычкой почесываться.

В пользу первой версии говорит то, что фамилия Чухненко распространена в регионах, где исторически был контакт с финно-угорским населением, а также в центральной Украине, куда переселенцы с севера могли принести своё прозвище. Однако не стоит забывать: прозвище Чухна могло быть и чисто украинским, образованным от местного диалектного слова. В любом случае, предок носителя фамилии Чухненко — человек по прозвищу Чухна, живший, скорее всего, в казацкой среде или среди крестьянства. Фамилия не дворянская, а типичная для широких слоёв населения Украины, что подтверждается её структурой и географией бытования.