Фамилия Чухнёва — женская форма фамилии Чухнёв, и её разговор лучше начинать с мужского варианта, чтобы сразу прояснить корень. Основа здесь — прозвище Чухно или Чухна, которое в русских говорах имело несколько значений, и все они связаны с этнонимами или диалектными характеристиками.

Самое вероятное объяснение: «чухна» — старинное, ныне устаревшее и нередко пренебрежительное название финно-угорских народов Северо-Запада России, в первую очередь ижоры и эстонцев. В псковских и новгородских землях так могли прозвать человека, который внешне или по говору напоминал прибалтийско-финское население. Прозвище закреплялось за переселенцами или за теми, кто вёл торговлю с «чудью» — собирательным названием этих племён. Модель образования фамилии проста: от прозвища Чухно через притяжательный суффикс -ев (в безударном положении после шипящего) получился Чухнёв, а далее — женская форма Чухнёва.

Есть и вторая, менее распространённая версия. В некоторых диалектах «чухна» означала «неряха», «замарашка» или «неопрятный человек». Слово могло возникнуть от глагола «чухать» — чесать, скрести, тереть. Если прозвище дали за неопрятный вид, фамилия оказывается чисто бытовой, без этнической подоплёки. Однако эта гипотеза слабее: в письменных источниках XVI–XVII веков (например, в новгородских писцовых книгах) чаще встречаются люди с прозвищем Чухно именно как указание на происхождение или соседство с чудью.

Суффикс -ёв (а не -ов) в фамилии — результат исторического произношения: после мягких шипящих и ц под ударением писали «ё», хотя в безударной позиции могло быть и «е». Поэтому ударение в фамилии Чухнёва падает на последний слог, и это важно: не Чу́хнева, а Чухнёва. Географически фамилия чаще встречается в северо-западных регионах России — в Ленинградской, Псковской, Новгородской областях, что подтверждает связь с историческим контактом славян и финно-угров.

Однокоренные фамилии — Чухнов, Чухнин, Чухонцев. Они образованы от тех же основ, но с разными суффиксами: -ов, -ин, -цев. Все они указывают на один корень, но Чухнёв выделяется характерной для северных говоров мягкостью окончания.