Фамилия Чухний — редкий случай, когда прозвище сохранилось в почти неизменном виде, не переоформившись в привычные -ов или -ин. Её основа — древнерусское слово «чухна», которое в разных говорах означало «свинья» (от звукоподражания «чух-чух», которым подзывают свиней). В новгородских и псковских землях так могли прозвать неаккуратного, грязного человека или того, кто пас свиней. В словаре Даля «чухна» — бранное прозвище для чухонцев (финнов), но в фамилиях южных и центральных областей эта связь маловероятна: финские народы там были редкостью.

Суффикс -ий указывает на притяжательную модель: Чухний буквально значит «чей? — Чухнин», то есть «сын или слуга Чухны». Такие фамилии на -ий (как Божий, Рыжий) в русской традиции редки и чаще встречаются в украинской или белорусской среде. Возможно, фамилия Чухний — украинизированный вариант: на Украине прозвище Чухна могло относиться к человеку с взлохмаченными волосами (от «чух» — «чуб, хохол»). В любом случае, носитель фамилии — потомок человека, получившего прозвище за внешний вид, род занятий или манеру поведения.

Географически фамилия тяготеет к западу России и к Украине. В переписях XIX века Чухнии встречались среди крестьян Черниговской и Полтавской губерний, а также среди мещан Витебской губернии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно простонародная фамилия, образованная от живого прозвища, а не от календарного имени.