Фамилия Чуненко звучит на слух как типичная украинская, и это действительно так. Её выдает суффикс -енко, который в XVII–XVIII веках был главным маркером «сына» или потомка в Поднепровье и на Левобережной Украине. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто происходили от притяжательных прилагательных (чей? — Иванов), модель на -енко отвечала на вопрос «чей сын?»: Чуненко — это «маленький Чун» или «сын Чуна».

Основа фамилии — сокращенная или производная форма личного имени или прозвища. Здесь есть два правдоподобия. Первое: Чун — это уменьшительное от канонического имени Чуна (редкое, но встречавшееся в святцах) или от просторечного Чунислав. Второе, более простое: на юге России и в Украине «чуней» называли человека неопрятного, неряшливого или, наоборот, простоватого, «чуня» — это и лапоть, и прозвище для медлительного. В украинских говорах слово «чунь» (или «чун») могло означать «чурбан», «болван» — в смысле «упрямый», «несговорчивый». Прозвищная версия выглядит убедительнее, потому что фамилии на -енко редко образовывали от полных крестильных имен — чаще от уличных кличек.

Географически фамилия Чуненко плотно привязана к юго-востоку Украины и прилегающим областям России. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века она встречается в Харьковской, Полтавской и Екатеринославской губерниях. Это зона активного формирования фамилий на -енко, где они к началу XIX века уже вытеснили патронимическую форму «Чунин сын». Если предки были казаками или крестьянами, то фамилия закрепилась именно в среде сельского населения, а не шляхты.

Интересная деталь: в русской среде фамилию могли переосмыслить, сблизив с диалектным «чуня» (собака, щенок) или «чуни» (обувь), но это вторичное народное толкование. Изначальный украинский корень, скорее всего, относился к прозвищу по характеру или внешности. Фамилия не редкая, но и не массовая — по частотности она уступает таким гигантам, как Шевченко или Коваленко, оставаясь в группе фамилий средней распространенности.

По сословной принадлежности сказать определенно трудно: документы показывают как казаков, так и государственных крестьян с этой фамилией. Дворянских родов Чуненко не зафиксировано — фамилия осталась в простонародной среде, что типично для модели на -енко без приставок и княжеских приставок.