Фамилия Чупцов образована от прозвища или имени Чупец. В основе лежит слово «чуп» — в южнорусских и украинских говорах так называли чуб, хохол, прядь волос на голове. Чупцом могли прозвать человека с заметным, торчащим чубом или того, кто носил характерную причёску — оселедец, как у запорожских казаков. Фамилия входит в группу «чубовых»: Чупов, Чубаров, Чуприков, Чубенко. Но Чупцов стоит особняком из-за суффикса -ец и последующего -ов. Модель такая: сначала от слова «чуп» образовали прозвище Чупец (человек с чубом), а потом от него — фамилию Чупцов по стандартной русской схеме «чей?» — «Чупцов сын». Суффикс -ец здесь указывает на уменьшительность или принадлежность к определённому типу (сравните: купец, молодец, удалец), так что Чупец — это «маленький чуб» или «тот, у кого чуб».

Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию от диалектного глагола «чупать» — хватать, брать, щупать. В этом случае Чупец — прозвище хватательного, цепкого человека или вора. Но правдоподобность этой версии ниже: слово «чупать» в говорах встречается редко, а прозвища по внешности (чуб) намного типичнее для русских фамилий, чем по действию с неясной мотивацией.

Географически фамилия Чупцов тяготеет к югу России — Ростовская, Воронежская области, Краснодарский край, а также к Украине. Это косвенно подтверждает связь с «чубом»: именно в этих регионах слово «чуп» и причёска-оселедец были в ходу. В центральных и северных областях фамилия встречается реже. Сословного барьера у Чупцовых не было: её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в ревизских сказках Воронежской губернии и в списках казаков Войска Донского.

Если смотреть на однокоренные фамилии, то Чупцов отличается от Чупина или Чупова именно наличием промежуточного суффикса -ец. Чупин — от «чупа» (без уменьшения), Чупов — от «чуп» напрямую. А Чупцов — более сложная, «двухэтажная» конструкция, что делает её чуть менее древней: такие фамилии возникали в XVII–XVIII веках, когда прозвища уже начали обрастать дополнительными суффиксами перед превращением в фамилию.