Фамилия Чужекова — женская форма фамилии Чужеков. Она образована от прозвища Чужек. В основе лежит корень «чуж-», который в русских говорах имел несколько значений: «чужой», «нездешний», «пришлый», а также «незнакомец» или «странный человек». Суффикс «-ек» — уменьшительный, характерный для прозвищ, которые давали не по роду занятий, а по какой-то внешней или поведенческой особенности. Таким образом, Чужек — это «чужой человек», «пришелец», возможно, выходец из другой местности или семьи.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: прозвище на «-ек» (Чужек) плюс патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — Чужеков сын). Фамилия Чужеков — относительно редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских родов, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Географически бытует преимущественно в южных и центральных регионах России, а также в восточной Украине — там, где активно смешивались разные группы населения.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «чужек» могло означать не просто чужого, а человека, взятого в семью со стороны — например, приёмного сына или зятя, живущего в доме жены. Если это так, то предок Чужеков мог быть не местным уроженцем, а «примаком», вошедшим в род через брак. Эта версия правдоподобнее, чем прямое прозвище «чужак», потому что прозвища часто давали по реальному положению человека в общине или семье.

Однокоренные фамилии — Чужаков, Чужинов, Чужой — встречаются чаще, но Чужеков выделяется именно уменьшительным суффиксом, который придаёт прозвищу оттенок не столько враждебности, сколько бытовой характеристики: «чуженький», «не наш, но свой». В написании фамилии возможны варианты через «о» (Чужоков), но в современной орфографии закрепилась форма с «е» под ударением.