Фамилия Чужененко — редкий случай, когда корень сразу бросается в глаза и провоцирует догадки. Основа здесь — «чуж», то есть «чужой», «чуждый», «посторонний». Казалось бы, всё просто: прозвище Чужой или Чужень дало начало фамилии. Но суффикс -енко выдаёт украинское или южнорусское происхождение, а само прозвище могло значить не то, что кажется на первый взгляд.

В украинской ономастике суффикс -енко — один из самых распространённых патронимических (отцовских) формантов. Он означает «сын» или «потомок». Чужененко — буквально «сын Чуженя». А Чужень — уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма от прозвища Чужой. Но кого на Руси или в Малороссии называли «чужим»? Не обязательно пришлого или иностранца. В сёлах «чуженином» могли назвать приёмного ребёнка, подкидыша или человека, который переселился из другого села и не имел здесь родни. В некоторых говорах «чужой» — это ещё и «нелюдимый», «сторонящийся людей» человек.

Есть и другая, менее очевидная версия. В старых документах встречается слово «чуженя» — так в некоторых регионах называли человека, взятого в дом зятем (примака). То есть мужчину, который после женитьбы жил в доме родителей жены. Такого зятя часто называли «чуженином» (чужой крови, не своего рода). Фамилия Чужененко могла закрепиться за потомками такого «примака». Эта версия правдоподобнее, чем прямое указание на чужеземца, — фамилии от слова «чужой» в форме на -енко почти всегда имеют бытовой, а не этнический подтекст.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), где суффикс -енко особенно активен. В России встречается редко, в основном на юге. Сословной принадлежности по фамилии не определить: Чужененко мог быть и казаком, и крестьянином, и мещанином. Прозвище не указывает на ремесло или знатность, а описывает семейное положение или социальный статус предка.