Фамилия Чуженьков — редкий случай, когда основа прозвища прозрачна, а вот механизм её превращения в фамилию неочевиден. Корень здесь — «чуж-», от слова «чужой». Казалось бы, носителя прозвища Чужень могли назвать так за непохожесть на других, замкнутость или пришлое происхождение. Но есть нюанс: суффикс «-еньк-» в основе «Чуженьк-» — это уменьшительно-ласкательная форма, типичная для русских прозвищ (сравните: милый — миленький, добрый — добренький). Значит, Чужень — это не просто «чужой», а скорее «чуженький», «чужой, но свой», почти домашнее, ироничное или даже ласковое прозвище.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Обычно фамилии на «-ов» образуются от основ на твёрдый согласный: Иванов, Петров. Здесь же основа «Чуженьк-» оканчивается на мягкий «к» (звук [к’]), что для русского словообразования редкость. Вероятно, изначально прозвище звучало как Чуженька (по аналогии с уменьшительными формами имён: Ванька, Петька), а затем, по модели отчества, закрепилось в форме Чуженьков — «сын Чуженьки». Такая фамилия могла возникнуть в среде, где прозвище было не просто ярлыком, а почти вторым именем, передававшимся в семье.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где суффикс «-еньк-» в прозвищах встречается чаще. В северных говорах его бы заменили на «-оньк-» или «-ечк-». В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова прямого упоминания Чуженькова нет, но модель образования типична для крестьянских и мещанских фамилий XVIII–XIX веков, когда прозвище фиксировалось в документах без изменений.

Однокоренные фамилии — Чужинов, Чужов, Чужаков — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Чуженьков выделяется именно ласкательным оттенком: предок был не просто «чужим», а «чуженьким» — возможно, пришлым человеком, которого в деревне приняли, но с лёгкой усмешкой. В этом и состоит уникальность фамилии: она сохранила не только факт происхождения, но и отношение к носителю прозвища.