Фамилия Даниил — редкий случай, когда в основе лежит полное, а не уменьшительное или обиходное имя. В русской антропонимии фамилии от полных крестильных имён встречаются, но заметно реже, чем от производных форм: Данилов мы знаем гораздо больше, чем Даниилов. Разница в суффиксе — Данил-ов против Даниил-Ø — указывает на разную историю. Фамилия Даниил образована без патронимического суффикса, по так называемой «нулевой» модели. Это значит, что имя отца перешло в фамилию напрямую, как есть: Иван Даниил, Пётр Даниил. Позже форма застыла и стала наследственной.

Такая модель нетипична для центральной России, где преобладали -ов/-ев и -ин. Она чаще встречается на западе и юго-западе русских земель, особенно в регионах, испытавших влияние украинской и белорусской ономастики. Там фамилии без суффикса (Шевченко, Коваль, Даниил) — обычное дело. Поэтому носители фамилии Даниил, скорее всего, имеют корни из Смоленщины, Брянщины, Черниговщины или Беларуси. В украинском языке имя звучит як Данило, но фамилия могла закрепиться и в церковнославянской форме Даниил — через письменную фиксацию в метриках.

Сам корень восходит к древнееврейскому имени Даниэль, что значит «Бог — мой судья» или «судья — Бог». Имя было популярно среди духовенства и в среде грамотных людей, но фамилию могли получить и крестьяне, записанные в документах полным именем. В сословном плане однозначного вывода нет: фамилия Даниил не даёт подсказок ни о ремесле, ни о прозвище предка — только об имени отца. Это типичная «отчество без переработки», и её редкость делает фамилию скорее маркером регионального происхождения, чем социального статуса.