Фамилия Данилушкинъ образована от мужского крестильного имени Даниил, которое в переводе с древнееврейского означает «мой судья — Бог». В основу фамилии легла не полная, а уменьшительно-ласкательная форма этого имени — Данилушка. Суффикс -ушк- в русской традиции указывал на нежное или фамильярное обращение, так что Данилушкой могли звать ребёнка или близкого человека в семье. Потомок того, кого называли Данилушкой, со временем получил фамилию Данилушкинъ.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Данилушк- добавили притяжательный суффикс -ин (в дореволюционном написании — -инъ), который отвечал на вопрос «чей?» и означал принадлежность к главе рода. По такой же схеме возникли фамилии Иванушкин, Петрушкин, Ванечкин — все они ведут начало от уменьшительных форм крестильных имён. Интересно, что фамилия Данилушкинъ встречается реже, чем Данилов или Данильченко, что делает её более редкой и локальной. Географически она чаще фиксировалась в центральных и северных губерниях России, где были сильны традиции домашних прозваний.

Старое написание с твёрдым знаком на конце — Данилушкинъ — сохранялось в документах до реформы орфографии 1918 года. В современных записях фамилия пишется как Данилушкин. Если сравнивать с однокоренными вариантами, то Данилушкинъ стоит ближе к народной, бытовой среде, а не к книжной или официальной.