Фамилия Давиденко — типичный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, распространённый в центральных и восточных регионах Украины, изначально означал «маленький» или «сын»: Давиденко — буквально «сын Давида». В основе лежит крестильное имя Давид, которое в переводе с древнееврейского значит «любимый». Имя это было популярно не только у славян, но и у евреев, поэтому среди носителей фамилии встречаются и те, и другие.

Процесс закрепления фамилий в украинской среде шёл с XV по XVIII век, и точное время появления рода Давиденко без глубоких генеалогических изысканий установить невозможно. Однако характерный суффикс -енко указывает, что фамилия окончательно оформилась в украинских или белорусских землях, где эта модель была особенно продуктивной.

Разброс мест рождения носителей фамилии по документам XX века довольно широк. В Книге памяти Свердловской области записана Давиденко Анна Ивановна 1886 года рождения (д. Гришкино Гаринского района) и украинец Давиденко Дмитрий Петрович 1901 года (с. Боргунка Бериславского района Одесской области). В Книге памяти Республики Мордовия отмечен Давиденко Гавриил Абрамович 1890 года, родившийся уже в Краснодарском крае. Такая география объясняется перемещениями населения в конце XIX — начале XX века, но ядро фамилии остаётся украинским.

Среди обладателей фамилии есть и люди, оставившие заметный след в истории. Виктор Александрович Давиденко (1914–1983) — советский физик-ядерщик, который участвовал в разработке нейтронного запала для первой советской атомной бомбы и схемы термоядерной бомбы на основе атомного обжатия. Его работа — пример того, как за простой патронимической фамилией стоит сложная судьба и конкретный вклад в науку.