Фамилия Давутахунов составная, и её смысл проступает при разборе по частям. Первая основа — арабское имя Давут (оно же Давуд, библейский Давид), которое переводят как «любимый» или «дорогой». Вторая часть восходит к персидскому «ахун»: так называли мусульманского богослова и учёного, которому подчинялось несколько приходов. Аффикс -ов в конце — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («сын такого-то»). Таким образом, фамилия буквально значит «сын Давута-ахуна», то есть потомок человека, который носил одновременно личное имя Давут и почётный титул ахуна.

Модель образования необычна: здесь слились арабский корень, персидский титул и русский суффикс. Это говорит о том, что фамилия складывалась в среде, где смешивались тюркские, иранские и славянские языковые традиции — скорее всего, на территории Средней Азии или в татаро-башкирской среде. В отличие от простых патронимов вроде Давудова, где суффикс крепится сразу к имени, в фамилии Давутахунов титул «ахун» оказался вставлен между именем и окончанием. Такая конструкция встречается редко и обычно фиксирует реальное прозвище или должность конкретного предка: он был не просто Давудом, а именно Давудом-ахуном, то есть уважаемым религиозным лицом с этим именем.

Поскольку фамилия составная и несёт в себе указание на духовное звание, её носители, вероятно, происходят из семей, где кто-то из предков занимал должность ахуна — выше муллы, но ниже муфтия. В дореволюционной России ахуны были распространены среди татар и башкир, а также в мусульманских общинах Кавказа и Туркестана. Сословно это, скорее всего, выходцы из духовенства или зажиточных крестьян, имевших отношение к мечети. Географически фамилия тяготеет к Урало-Поволжью и Средней Азии, но точных статистических данных по её распространению нет.