Фамилия Деген — одна из тех, где за коротким корнем стоит долгая история, и её происхождение почти наверняка не русское, а еврейское. Основа — немецкое слово Degen, которое переводится как «шпага» или «меч». В немецком языке это слово также могло быть прозвищем для воина, фехтовальщика или, в переносном смысле, для человека острого на язык. Фамилия образована без типичных русских суффиксов (-ов, -ин), что сразу указывает на её иноязычное происхождение: она вошла в обиход в готовом виде, без дополнительной адаптации.

В ашкеназской еврейской традиции фамилии часто давали по роду занятий, внешним признакам или личным качествам. Версия с «мечом» — самая прямая: предок мог быть оружейником, солдатом или просто получить прозвище за бойкий характер. Однако есть и другой вариант: фамилия могла произойти от ивритского имени Даган (זרע), означающего «зерно», но с германизированным окончанием. Этот путь менее вероятен, так как переход «Даган» в «Деген» требует дополнительных фонетических допущений, тогда как немецкое слово лежит на поверхности и подтверждается массой аналогичных фамилий (Доллер, Штайнер).

Географически фамилия Деген распространена среди еврейских общин Германии, Австрии и Польши, а в Российскую империю попала с переселенцами из этих регионов в XIX веке. Встречается она и среди немцев-колонистов, но для них более типичны фамилии с суффиксами вроде -ман или -берг. Интересно, что в русском языке ударение в фамилии обычно падает на первый слог — Де́ген, хотя в немецком оригинале оно могло колебаться. Это типичный случай, когда фамилия сохранила исходное иноязычное звучание, но подчинилась ритмике русского языка.

Сословной принадлежности у Дегенов нет: фамилия встречалась и среди ремесленников, и среди торговцев, и среди интеллигенции. В дореволюционных записях её носители фигурируют как мещане или купцы, реже — как крестьяне, что характерно для еврейских фамилий, появившихся после обязательного присвоения фамилий в начале XIX века.