Фамилия Деконенко — яркий пример того, как церковная должность превратилась в родовое имя. В основе фамилии лежит прозвище Декон, которое, скорее всего, является народным, упрощённым вариантом слова «дьякон». Греческое «диаконос» означало «служитель» — так называли представителя низшего духовного чина, который не имел права самостоятельно совершать богослужения, но вёл хозяйственные дела при храме. В быту такое произношение (Декон вместо Дьякон) было естественным для многих говоров.

Суффикс -енко указывает на украинское или южнорусское происхождение. В этих землях -енко (а также -ко) было типичным патронимическим суффиксом, который означал «сын» или «потомок». То есть Деконенко — это буквально «сын Декона», а в более широком смысле — «потомок того, кого прозвали Деконом». Такая модель образования фамилий была особенно распространена в казацкой среде и среди крестьянства Левобережной Украины.

Интересно, что в некоторых случаях прозвище могло закрепиться не за самим церковным служителем, а за его сыном. Прозвище Декон, изначально присоединённое к наследственному имени, со временем полностью заменило его — и в повседневной жизни, и в официальных документах. Так что предок современных Деконенко мог быть либо самим дьяконом, либо человеком, который работал при церкви, помогал в хозяйстве, либо же — что тоже вероятно — его называли так в насмешку или за сходство с этим служителем по манере поведения.

Редкость фамилии объясняется узостью исходной профессии: дьяконов в каждом приходе было немного, а фамилии на -енко от этого корня образовывались только в тех семьях, где прозвище прочно укоренилось. В отличие от массовых фамилий вроде Дьяконов или Дьяченко, Деконенко сохранила более архаичную, диалектную форму основы.