Фамилия Диконенко — яркий пример того, как украинская словообразовательная модель «переплавила» греческое церковное звание. Её основа — слово «дикон», народная, упрощённая форма от «дьякон» (церковнослужитель, помощник священника). В украинском языке, в отличие от русского, часто происходило отвердение согласных, поэтому «дьякон» превратился в «дикон», а затем и в фамилию.

Суффикс -енко — типичный для восточной и центральной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). Он указывал на сына или потомка: Диконенко — буквально «сын диакона». В XVII–XVIII веках такие фамилии активно закреплялись за казацкой старшиной и крестьянскими родами, часто не имевшими наследственных прозвищ.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища «Дикон». Так могли назвать не только сына дьякона, но и грамотного человека, который помогал в церкви, читал псалтырь или выполнял обязанности пономаря. Прозвище могло прилипнуть и к человеку с характерной манерой поведения — нарочито степенному, «церковному».

Географически фамилия сосредоточена на территории современной Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской областях. В России она встречается реже, чаще всего как след переселения малороссийских крестьян или казаков в XVIII–XIX веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, Диконенко не даёт прямого указания на сословную принадлежность: носителем мог быть и казак, и мещанин, и крестьянин.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Дьяконов, Дьяконенко, Диконов — показывает, что Диконенко сохранила именно украинский фонетический облик. Если Дьяконов почти наверняка указывает на русского священнослужителя, то Диконенко — на его потомка из украинской среды, где церковная иерархия не всегда была строго наследственной, но фамилия закрепилась прочно.