Фамилия Денишенко — типичный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской или белорусской модели. В её основе лежит каноническое имя Денис, которое восходит к греческому Дионисий — имени бога виноделия и веселья. Суффикс -енко означает «маленький» или «потомок», так что Денишенко — это буквально «сын Дениса» или «малый Денис». Такая модель была особенно распространена в Поднепровье, на Левобережной Украине и в южных регионах Беларуси, где фамилии на -енко стали массовыми в XVI–XVII веках.

Интересная деталь: в фамилии Денишенко суффикс стоит не сразу после корня, а наращивается через -иш- (Дениш-енко). Это указывает на то, что исходное прозвище или уменьшительное имя могло звучать как Дениш — то есть Денис в ласкательной форме, характерной для украинских говоров. В русских землях чаще встречается вариант Денисов, а Денишенко остался маркером южного происхождения.

По социальному составу носители фамилии, скорее всего, были казаками, крестьянами или мещанами. В реестрах Запорожского войска и переписях Гетманщины фамилии на -енко фиксировались у людей, не принадлежавших к шляхте, — это был способ указать на родство без привязки к землевладению. Денишенко мог быть сыном некоего Дениса, который, вероятно, отличался весёлым нравом или имел отношение к виноделию — в народной этимологии имя Денис прочно ассоциировалось с праздником и хмелем.

Встречаются и более редкие версии: некоторые исследователи выводят фамилию не от Дениса, а от прозвища Денишка — так в диалектах называли нерасторопного или простоватого человека. Однако эта гипотеза слабее, поскольку суффикс -енко почти всегда прикреплялся к личному имени, а не к прозвищу с отрицательной окраской. Так что основная версия остаётся самой надёжной.

Сегодня фамилия Денишенко нередка в Украине, особенно в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также в приграничных районах России. Встречается она и в Беларуси — там её носители могли быть потомками переселенцев с Украины времён Речи Посполитой.