Фамилия Данишенко — типичный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Суффикс -енко в украинской ономастике выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он указывал на происхождение, чаще всего по отцу. Данишенко буквально означает «маленький Данила» или «сын Данилы». Основа фамилии — каноническое крестильное имя Даниил, которое в украинской народной традиции сократилось до формы Данило или Данила.

Особенность именно этой фамилии в том, что она образована не напрямую от имени Данила, а от его уменьшительной формы — Даниш. Сравните: Даниленко (сын Данила) и Данишенко (сын Даниша, то есть маленького Данилы). Такая модель с двойным суффиксом (-иш- + -енко) встречается реже, чем простое -енко, и придаёт фамилии оттенок ласкательности или указания на младшего в роду.

В украинских реестрах XVII–XVIII веков фамилия фиксируется на Левобережье и Слобожанщине — в районах активного формирования казацких фамилий. Носители Данишенко, скорее всего, были выходцами из казацкой или крестьянской среды: суффикс -енко в те времена почти не встречался у шляхты, которая предпочитала фамилии на -ский или -ович.

По написанию фамилия устойчива: варианты вроде Данищенко (с «щ») или Данишэнко — результат местных диалектных произношений или ошибок при записи, но основная форма сохраняет «ш» в корне. В русском языке фамилия не склоняется по падежам, если принадлежит женщине, и склоняется как существительное второго склонения, если речь о мужчине.