Фамилия Даниленко — типичный пример украинской модели образования фамилий. Её основа — имя Данила, народная форма церковного имени Даниил. Суффикс -енко в украинской ономастике имел значение «сын» или «потомок», то есть Даниленко буквально понимали как «сын Данилы». Такая модель с суффиксами -енко, -ук, -ко была распространена в Поднепровье и на Левобережной Украине, где фамилии закреплялись именно по имени главы семьи.

Имя Даниил пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского оно означает «мой судья — Бог». В народе верили, что имя библейского пророка, прославившегося мудростью и стойкостью, передаёт носителю часть этих качеств. Поэтому имя Данила было одним из самых частых в крестьянской и казачьей среде — его давали мальчикам, желая им твёрдости духа.

Сведения о носителях фамилии встречаются в документах XIX–XX веков. В Книге памяти Томской области записан украинец Даниленко Константин Сергеевич, родившийся в 1891 году в Киевской губернии. В Книге памяти Республики Башкортостан упоминается Даниленко Макар Емельянович, 1884 года рождения, из Давлекановского района. Эти записи показывают, как украинские фамилии распространялись по стране в ходе миграций и переселений.

Среди известных обладателей фамилии — Валентин Николаевич Даниленко (1913–1982), украинский археолог, исследовавший памятники эпохи неолита и бронзы на территории Украины. Его работы внесли вклад в изучение трипольской культуры и древней истории Поднепровья.