Фамилия Даниличенко принадлежит к распространённому на востоке Украины типу фамилий на -енко. Эта модель, означавшая «сын» или «потомок», в XVII–XVIII веках стала одной из самых продуктивных на Левобережной и Слободской Украине, а позже закрепилась в качестве характерного признака украинской фамильной системы. В основе фамилии лежит имя Данилиша — уменьшительно-ласкательная форма канонического имени Даниил. Имя Даниил древнееврейского происхождения, переводится как «мой судья — Бог» (слова «дан» — судья и «Эль» — Бог). Соответственно, Даниличенко буквально понималось как «сын Данилиши»: суффикс -енко присоединялся к основе имени отца, указывая на прямое родство.

Интересно, что в русской ономастике параллельно сложилась фамилия Даниличев — с типичным великорусским суффиксом -ев, тоже от той же уменьшительной формы. Сравнение этих двух фамилий наглядно показывает, как одна и та же основа «обрастала» разными патронимическими суффиксами в зависимости от региона: на украинских землях закрепился суффикс -енко, а в центральных и северных русских губерниях — -ев. Фамилия Даниличенко встречается преимущественно в Полтавской, Черниговской и Харьковской областях, что подтверждает её привязку к исторической территории Гетманщины и Слобожанщины. В более широком смысле, как и все фамилии на -енко, она свидетельствует о том, что предок носителя носил имя Данилиша, а сама фамилия фиксирует этот факт в неизменном виде уже несколько столетий.