Фамилия Данилко ведет происхождение от имени Данила — народной формы библейского имени Даниил, которое в переводе с древнееврейского означает «мой судья — Бог». В основе фамилии лежит не каноническое церковное имя, а его обиходный, разговорный вариант, широко распространенный в восточнославянской среде. Модель образования типична для украинской и белорусской ономастики: суффикс -ко указывал на принадлежность или родство, то есть Данилко буквально понималось как «сын Данилы» или «маленький Данила». Такие фамилии с уменьшительно-патронимическим суффиксом были особенно часты на территории современных Украины, Беларуси и южных областей России.

Словообразовательная модель Данилко отличается от более привычных русских фамилий на -ов (Данилов) или -ин (Данилин). Суффикс -ко в украинской традиции выполнял ту же роль, что и -енко или -ук, но придавал имени более ласковый, семейный оттенок. В польских и белорусских землях встречаются варианты Данилько, Данелько, что связано с местными фонетическими особенностями.

Географически фамилия Данилко чаще всего фиксируется в западных областях Украины — на Волыни, в Галиции, а также в приграничных районах Беларуси. В документах XVI–XVII веков можно найти упоминания казаков и мещан с таким прозвищем, что подтверждает ее давнее бытование в среде свободного сельского населения, а не только крепостных крестьян. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по ремеслу или внешности, Данилко — чисто патронимическая фамилия, и ее носители, скорее всего, вели свой род от человека по имени Данила.