Фамилия Данюшенко образована по очень распространённой в украинской ономастике модели — с помощью суффикса -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» и закрепился в основном на территории Левобережной и Слободской Украины, в частности на Полтавщине, Черниговщине и в прилегающих районах современной России (Курская, Белгородская области). Так что Данюшенко — это, по сути, «маленький Данюша» или «сын Данюши».

Основа фамилии — имя Данюша. Это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Даниил, которое переводится с древнееврейского как «Бог — мой судья». В народной среде имя Даниил давало множество производных: Даня, Данька, Данюша, Данюха. Форма Данюша характерна именно для украинской и южнорусской речевой традиции, где суффикс -юш- придавал имени оттенок ласки и принадлежности к домашнему, неофициальному общению.

В отличие от фамилий на -енко, которые часто становились наследственными уже к концу XVII века, Данюшенко — вариант, закрепившийся, скорее всего, в XVIII–XIX веках. В реестрах казацкой старшины и мещан встречаются близкие формы: Данюшевский (с польским суффиксом -ский, указывающим на шляхетское происхождение) и просто Данюша (как прозвище). Данюшенко же — фамилия «чистого» крестьянского или казацкого корня, без претензий на дворянство.

Географически фамилия не выходит за пределы ареала суффикса -енко: её носители традиционно сосредоточены в Черниговской и Сумской областях Украины, а также в приграничных районах России, куда в XVIII–XIX веках переселялись малороссийские казаки и крестьяне. Важная деталь: в русских переписях XIX века фамилию часто записывали с искажениями — Донюшенко или Денюшенко, под влиянием акающего произношения. Это может запутать при поиске предков, поэтому стоит проверять оба варианта написания.

Словообразовательная цепочка проста: Даниил → Данюша (уменьшительное) → Данюшенко (сын Данюши). Никаких редких корней или спорных версий здесь нет — это классический случай, когда фамилия прямо говорит о том, что предка звали Даниилом, но в быту он был Данюшей.