Фамилия Данюченко образована по распространённой в украинской и белорусской среде модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках закрепился за потомками: он означал «сын такого-то» или «принадлежащий к роду такого-то». Со временем -енко утратил оттенок родства и превратился в фамильный формант, который сейчас встречается у миллионов носителей.

Основа фамилии — имя Данюк. Это народная форма канонического имени Даниил, которое пришло из древнееврейского «Даниэль» — «Бог мой судья» или «судья Божий». В украинской и белорусской традиции имя Даниил давало целое гнездо уменьшительных вариантов: Данько, Данюк, Данилко, Данусь. Фамилия Данюченко буквально значила «сын Данюка» или «потомок Данюка».

Географически фамилия Данюченко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу Беларуси. В России она встречается реже и чаще всего — в регионах, куда шли миграционные потоки из Малороссии: на Кубани, в Поволжье и на Дону. В метрических книгах XVIII–XIX веков носители фамилии записаны преимущественно среди казаков и крестьян, то есть сословно фамилия не была аристократической.

Интересная деталь: написание фамилии могло колебаться. В старых документах встречаются варианты Донюченко, Данюченков, а иногда и Донюченков — с влиянием русской патронимической модели на -ов. Но форма на -енко осталась основной, и это указывает на украинское происхождение рода. В отличие от фамилий типа Данилов или Данильченко, Данюченко — более редкий вариант, сохранивший именно ту ступень уменьшительности, которая была в ходу у простого населения.