Фамилия Данченко образована по восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и белорусской традиции означает «сын» или «потомок». Буквальное значение — «сын Данька». В основе лежит имя Данько, которое является уменьшительно-ласкательной формой от полного имени Даниил. Даниил переводится с древнееврейского как «мой судья — бог». Менее вероятно, что Данько могло быть производным от редкого библейского имени Дан, означающего «судья».

Существует альтернативная версия, связывающая фамилию с болгарским словом «данъчен», то есть «налоговый». Сторонники этой гипотезы предполагают, что предок Данченко мог заниматься сбором податей или состоять на государственной службе. Однако эта версия значительно уступает первой в правдоподобии: суффикс -енко характерен именно для восточнославянских языков (Украина, Беларусь), а не для болгарского, где типичны суффиксы -ов, -ев, -ски. К тому же переход от прилагательного «налоговый» к фамилии без промежуточного прозвища маловероятен. Поэтому основная и наиболее обоснованная версия — происхождение от имени Данько, а фамилия Данченко указывает на прямого потомка человека по имени Данько.