Фамилия Данюшины образована от имени собственного. В её основе лежит имя Данюша — украинская уменьшительная форма крестильного имени Даниил, которое пришло из древнееврейского и означает «мой судья — Бог». Есть и другая версия: имя Данюша могло произойти напрямую от имени Дан («судящий, судья»). В любом случае, потомка человека по имени Данюша со временем стали называть Данюшиным.

Важно заметить, что суффикс -ин в этой фамилии типичен для русского Севера и многих центральных областей. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Данюшин, то есть сын или потомок Данюши. Это отличает фамилию от более южных вариантов с суффиксом -енко (Данюшенко) или западных с -ук/-юк (Данюшук).

Сам корень — уменьшительное Данюша — характерен для украинской и южнорусской народной традиции. В официальных документах полное имя Даниил почти всегда заменялось бытовыми формами, поэтому фамилия Данюшин могла закрепиться в семьях, где предка в быту звали именно Данюшей, а не более привычным для великорусских говоров Данилой.

О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был долгим и шёл неравномерно даже в соседних уездах. Однако словообразовательная модель и географическая привязка суффикса позволяют предположить, что ядро фамилии сложилось где-то на стыке украинских и русских земель — в Слобожанщине или в южных уездах России, откуда носители потом расходились на север и восток.