Фамилия Данюшкин — один из тех случаев, когда даже на слух ясно: она «уменьшительно-ласкательная». Её основа — форма имени Данюшка. Так в народе называли человека по имени Даниил, Данила или Данило. Суффикс -ушк- в русской ономастике типичен для домашних, обиходных вариантов имён: Ванюшка, Митюшка, Федюшка. Со временем это ласкательное прозвище закрепилось за человеком, а потом перешло в фамилию по стандартной модели: Данюшка → Данюшкин, то есть «сын Данюшки», «из рода Данюшки».

Сам суффикс -ин в конце указывает на принадлежность. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, но в паре с -ушк- она встречается реже, чем, скажем, с -ов. Данюшкин — фамилия не частая, но и не уникальная. В дореволюционных переписях её можно встретить в центральных и северных губерниях России, где имя Даниил было в ходу. В южных и западных регионах чаще использовали форму Данильченко или Данилюк, а вот Данюшкин — признак именно великорусской, часто крестьянской или мещанской, среды.

Интересно, что фамилия могла возникнуть не напрямую от имени, а от прозвища Данюшка, которое давали не только Даниилам. В некоторых говорах «данюшкой» в шутку называли щедрого или, наоборот, прижимистого человека — игра слов с «дать» и «дань». Но это версия слабая, без устойчивой фиксации в словарях. Куда правдоподобнее, что корень здесь именно каноническое имя Даниил, которое в переводе с древнееврейского означает «Бог — мой судья». Так что носитель фамилии Данюшкин — потомок того, кого в семье ласково звали Данюшкой, скорее всего, обычного крестьянина или ремесленника, без связи с дворянством.