Фамилия Данюшин — один из тех случаев, когда в основе лежит не полное церковное имя, а его домашняя, обиходная форма. Исходное имя — Данюша, украинская уменьшительная форма от Даниил. В русской традиции суффикс -юш- чаще встречается в ласкательных вариантах (Ванюша, Танюша), а фамилии с таким суффиксом обычно указывают на южнорусское или украинское происхождение рода. Даниил — имя древнееврейское, означает «мой судья — Бог».

Есть и вторая версия, менее распространённая: Данюша могло быть производным не от Даниила, а от более редкого имени Дан. В переводе с древнееврейского Дан означает «судящий, судья». В таком случае фамилия оказывается связана не с библейским пророком, а с одним из колен Израилевых — коленом Дана. В русской ономастике эта версия слабее, потому что имя Дан в качестве самостоятельного крестильного имени почти не встречалось у славян, но могло бытовать как прозвище.

Суффикс -ин в фамилии Данюшин указывает на принадлежность: «чей?» — Данюшин, то есть сын или потомок Данюши. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа Данюш- даёт фамилию именно по этой схеме, а не по модели на -ов, что дополнительно подчёркивает разговорное, неофициальное происхождение исходного имени.

Фамилия нечастотная, встречается в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине. В дореволюционных переписях носители Данюшины чаще всего записаны как крестьяне или мещане. В отличие от фамилий, образованных от полной формы имени (Данилов, Даниилов), Данюшин сохраняет в себе ту интимную, семейную интонацию, с которой человека называли в быту.