Фамилия Денякин — яркий пример того, как просторечная форма личного имени закрепилась в качестве родового прозвища. В её основе лежит уменьшительное Деняка от крестильного имени Денис (в просторечии — Денисий, Денисей). В русских говорах суффикс -як- был распространённым способом образования обиходных имён: Деняка, Сидяка (от Сидор), Кузяка (от Кузьма). Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Деняки», то есть потомок человека, которого в быту звали Денякой.

Интересно, что фамилия сохранила следы старого русского произношения, где имя Денис могло звучать с «ёканьем» или «яканьем» — как Дёня, Деня. Это нередко встречалось в центральных и южнорусских областях, где аканье и яканье были нормой. Поэтому Денякин — не искажённая форма, а местный вариант, зафиксированный в документах.

Версия о связи с диалектным словом «деня» (деньга, мелкая монета) менее убедительна. Хотя прозвища по деньгам и существовали (Денежкин, Алтынников), для фамилии Денякин характерен именно антропонимический корень — от имени, а не от предмета. В пользу этого говорит и распространённость модели «имя на -яка + -ин»: ср. фамилии Митякин, Сидякин, Ванякин.

Фамилия не относится к числу дворянских или старинных княжеских. Её носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан тех губерний, где имя Денис было особенно популярно — например, в Рязанской, Тамбовской, Воронежской. В переписных книгах XVII–XVIII веков Денякины могли записываться как крепостные или однодворцы.

Сегодня фамилия встречается нечасто, но устойчиво — в основном в Центральной России и Поволжье. Её написание редко путают с похожей фамилией Деникин (от Деника, той же основы, но с другим суффиксом). Денякин — более редкий, «домашний» вариант, сохранивший живую народную речь.