Фамилия Денякова — женская форма фамилии Деняков, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем в основе. Чаще всего в роли такого имени выступает Деня — народная, разговорная форма крестильного имени Денис. В русской традиции имя Денис (древнегреческое Dionysios — принадлежащий Дионису) в быту сокращали до Деня, а от этой основы с помощью фамильного суффикса -ов образовали типичную русскую фамилию. Фактически Денякова означает «жена или дочь Денякова», а её носительница — потомок человека по прозвищу или имени Деня.

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «деня» — так в некоторых говорах называли денщика, слугу или человека, выполняющего мелкие поручения. В этом случае фамилия указывала на род занятий предка. Однако имя Денис и его производные настолько популярны в русской ономастике, что первая версия выглядит убедительнее: фамилии от Дениса — Денисов, Денисьев, Денякин, Деняков — образуют целое гнездо, и Денякова в него вписывается органично.

Географически фамилия встречается в разных регионах России, но чаще фиксируется на северо-западе и в Поволжье. Например, в переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с фамилией Деняков в Новгородской и Вятской губерниях. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в центральных и северных землях, где преобладала эта модель, в отличие от южных регионов с суффиксом -енко.

В написании фамилии нет спорных моментов: она подчиняется общему правилу — женский вариант оканчивается на -а, мужской на -ов. Ударение в большинстве говоров падает на второй слог: Деня́кова, хотя в некоторых семьях могут произносить с ударением на первый слог, что обычно связано с местным диалектом.