Фамилия Денюшкин — один из тех случаев, когда основа ясна, а суффикс рассказывает о происхождении больше, чем кажется на первый взгляд. В основе лежит имя или прозвище Денюшка, а оно, в свою очередь, — производное от канонического имени Денис (через народные формы Денися, Деня). Уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк- (Денюшка) указывает на то, что так могли называть ребёнка или младшего в семье. Фамилия образована по типичной русской модели: от «чей?» — Денюшкин, то есть сын или потомок Денюшки.

Интересно, что в этой фамилии сохранился редкий переходный элемент: в говорах имя Денис могло звучать как Денюс, отсюда и Денюшка. Суффикс -ин, а не -ов, тоже не случаен. В северных и центральных русских говорах притяжательные прилагательные от имён на -а/-я чаще образовывались именно с -ин. Поэтому Денюшкин — фамилия, характерная для регионов, где было распространено «аканье» и мягкое окончание имени (Владимирская, Костромская, Ярославская губернии). В южных и восточных областях скорее возник бы вариант Денюшков.

Версия о связи с деньгами (от слова «деньга») маловероятна. Хотя в старину существовало прозвище Деньга, от него образовывались фамилии Деньгин, Денежкин, но не Денюшкин. Фонетика здесь другая: корень «ден-» в фамилии мягкий, с гласной «ю», что прямо ведёт к имени Денис.

Сословного барьера у фамилии не было: в документах XVIII–XIX веков Денюшкины встречаются и среди крестьян, и среди мещан, и среди купцов. В основном — в центральной России, с заметным числом носителей в бывшей Владимирской губернии. В советское время фамилия не стала редкой, но и массовой не была — её и сегодня можно встретить в городах и сёлах, чаще в центре и на севере европейской части страны.