Фамилия Донюшкин — редкий пример метронимической фамилии, то есть образованной не от имени или прозвища отца, а от женского прозвища. В основе лежит слово «донюшка» — ласковое обращение к дочери, уменьшительная форма от «доня» или «дочка». В русских говорах «доня» и его производные («донюшка», «донька») были распространены в южных и западных областях, особенно на границе с Украиной и Белоруссией, где такое обращение звучало естественно в быту.

Прозвище Донюшка могли дать несколькими путями. Самая прямая версия: так называли единственную или особенно любимую дочь в семье — и это прозвище закрепилось за ней настолько, что перешло к её детям. В таком случае фамилия Донюшкин означает «сын Донюшки» или «потомок той, кого звали Донюшкой». Менее вероятно, но возможно, что прозвище получил мужчина — например, отец, который часто и ласково называл так свою дочь, и окружающие запомнили его по этой характерной черте.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Донюшкин). Ударение, скорее всего, падает на первый слог: До́нюшкин, что тоже характерно для фамилий, образованных от уменьшительных форм с суффиксом -ушк-.

Фамилия встречается редко. По данным открытых источников, основные очаги бытования — Тверская область и некоторые районы Сибири, куда фамилия могла попасть с переселенцами. Важно не путать Донюшкина с фамилией Донцов (от названия жителя Дона) или Донских — эти фамилии имеют совершенно другую географическую и смысловую привязку.

В ономастических словарях фамилия не фиксируется как широко известная, что делает её особенно ценной для семейной истории: она почти наверняка не искусственная (не дана в семинарии или при переписи), а возникла естественным путём в крестьянской или мещанской среде, где ласковые прозвища бытовали повсеместно.