Фамилия Депко — редкий случай, когда происхождение не лежит на поверхности, а суффикс даёт подсказку, куда копать. Окончание -ко типично для украинской и белорусской ономастики: так оформляли фамилии от прозвищ и имён, придавая им уменьшительно-ласкательный или фамильярный оттенок. Поэтому первое, что можно сказать: Депко — это почти наверняка выходец с земель современной Украины или юго-западной России, где такие модели в ходу до сих пор.

Основа «Деп-» спорна и неочевидна. Самая прямая версия — от прозвища Деп, которое могло быть связано с глаголом «депать» (в некоторых говорах — «деть, убрать, спрятать»). Человека могли прозвать Депом за привычку всё прятать или за скрытный характер. Вторая, менее вероятная версия — что это усечённая форма от полного имени вроде Демьян или Дементий (как Депко из Демка через замену «м» на «п» в диалектном произношении). Такие фонетические сдвиги редки, но не исключены.

Интересно, что фамилия не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов — это говорит о её простонародном происхождении. Скорее всего, Депко — это потомок крестьянина или ремесленника, получившего прозвище по действию или черте характера. Географически фамилия встречается точечно: есть записи в Черниговской и Полтавской губерниях, а также среди переселенцев на Кубань. Никаких «известных носителей» в истории не зафиксировано — фамилия осталась в тени, что только усиливает её бытовую, непритязательную природу.

Если сравнивать с однокоренными, то параллели напрашиваются с фамилиями Депкин (та же основа, другой суффикс) и Депов (русская модель на -ов). Но Депко стоит особняком именно благодаря украинскому суффиксу, который превращает неясное прозвище в компактную и характерную фамилию.