Фамилия Диниус — редкий случай в русском ономастиконе. Сразу бросается в глаза нетипичный для русских фамилий финал «-ус». Такое окончание почти всегда выдает иностранное происхождение, и в данном случае оно, скорее всего, латинского или западноевропейского корня.

Самая вероятная версия — фамилия образована от латинского слова «dignus», что значит «достойный, уважаемый». В латинском написании она могла выглядеть как Dignus, а в русской передаче через «и» и с утратой «г» (или с озвончением «г» в «к» и последующим упрощением) превратилась в «Диниус». Такая метаморфоза типична для фамилий, которые пришли в Россию через польское или украинское посредничество, где латинские корни часто адаптировались на слух.

Вторая версия отталкивается от литовского или латышского корня «dini» (от «diena» — день). В этом случае фамилия могла означать «дневной», «светлый» или указывать на человека, родившегося днём. Однако финал «-ус» в прибалтийских языках встречается реже, чем в латыни, и чаще характерен для латинизированных форм.

В любом случае, носитель фамилии Диниус в Российской империи — почти наверняка не крестьянин-землепашец, а человек из образованной среды: выпускник духовной семинарии (где латынь была основным языком), учитель, врач или выходец из польской шляхты. Фамилии на «-ус» часто давали ученикам семинарий как «учёные» прозвища от латинских основ. Так что предок мог получить её как награду за успехи в учёбе — «достойный» студент.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям: Виленской, Ковенской, Гродненской, а также к Прибалтике. В центральной России она встречается единично, что подтверждает её нерусское происхождение. Сравните с однокоренными, но более распространёнными фамилиями: Дигнус, Дигнов, Дигня. Диниус стоит особняком — более редкая и книжная форма.