Фамилия Додурины образована от прозвища Додура через стандартную патронимическую модель с суффиксом -ин. В русской ономастике этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Додурин, то есть сын или потомок Додуры. Основа прозвища неочевидна, и у исследователей есть две версии её происхождения.

Первая, наиболее обоснованная, связывает слово «додура» с ярославским диалектным значением — «теснота». В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком, который жил в маленьком, скученном помещении или, возможно, отличался прижимистостью в быту. Диалектная лексика — частый источник русских фамилий, и версия с ярославским корнем выглядит правдоподобнее именно из-за региональной привязки: фамилия могла возникнуть на территории бывшей Ярославской губернии.

Вторая версия отсылает к башкирскому слову «додул» («богатство»). Она менее вероятна: во-первых, прозвище Додура — чисто русское по форме, с характерным окончанием -а, а во-вторых, заимствования из тюркских языков в основе русских прозвищ обычно касаются бытовых или военных реалий, а не абстрактных понятий вроде «богатства». Однако полностью исключать её нельзя — в зонах русско-башкирского пограничья такие контакты случались.

Говорить о точном времени возникновения фамилии Додурин сложно: процесс становления русских фамилий растянулся с XV по XVIII век. Но сама модель на -ин говорит о том, что фамилия сформировалась не позже XVII столетия — к XVIII веку суффикс -ов/-ев уже вытеснял -ин в основах, оканчивающихся на согласный.