Фамилия Докуто — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор сразу упирается в вопрос: перед нами исконно славянское образование или адаптированная иноязычная фамилия? Скорее всего, второе. В русской традиции фамилии на -то почти не встречаются; этот финал характерен для литовских (Докуто, как отчество от личного имени Dokutas) или, реже, для польских фамилий с усечённой основой. Если же предположить славянский корень, то в основе лежит прозвище Докута — от глагола «докучать» (надоедать, приставать). Так могли назвать назойливого, дотошного человека. Однако суффикс -то для русского прозвища нетипичен: обычно такие прозвища давались в форме «Докука» (от того же корня) или «Докучай».

Гораздо правдоподобнее, что фамилия — белорусского или литовского происхождения. В белорусском языке есть слово «докута» (докука, забота, хлопоты), и фамилия могла закрепиться за человеком, который вечно «в хлопотах» или сам их создавал. Но и здесь форма на -то выбивается из стандартной белорусской модели (обычно -ов, -ин, -ич). Поэтому рабочая гипотеза: Докуто — это ополяченная или литуанизированная версия, где конечное -то возникло при записи фамилии в польских метриках (ср. литовские фамилии на -utis, -ūtis, которые на русской почве могли перейти в -уто/-ута).

В дореволюционных справочниках фамилия не фиксируется — её нет ни в «Ономастиконе» Веселовского, ни в списках Унбегауна. Это указывает на позднее закрепление (вторая половина XIX века) и узкорегиональный характер. Встречается она преимущественно на западе бывшей Российской империи — в Виленской, Гродненской губерниях, а также среди переселенцев из этих мест в Сибирь. Социальный состав носителей — скорее всего, крестьяне или мещане, без дворянских корней.

Если отбросить версию с «докукой», остаётся ещё один вариант: фамилия могла возникнуть от тюркского или кавказского имени Докут (Догут) с добавлением русского окончания -о, но это уже экзотика. Для рядового носителя фамилии Докуто наиболее вероятно, что его предки жили на территории современной Литвы или Западной Белоруссии, а сама фамилия — либо литовское отчество, либо прозвище от слова «докучать», записанное в непривычной для русского уха форме.