Фамилия Долдоновы образована от прозвища Долдон, которое, в свою очередь, восходит к глаголу «долдонить» — то есть «пустословить, говорить лишнее» или «беспрестанно твердить, повторять одно и то же». Такая словообразовательная модель типична для русских фамилий: от глагольной основы через прозвище к фамилии на -ов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Долдонов буквально означает «сын Долдона» или «из рода Долдона».

Прозвище Долдон могло отражать особенности характера основателя рода — словоохотливость или настойчивость. Но есть и другая, менее очевидная версия: прозвище могло выполнять «охранительную» функцию, то есть служить оберегом. В народной традиции родители намеренно давали ребёнку имя или прозвище с негативным оттенком, чтобы отвести от него злые силы. Надеясь вырастить умного и сдержанного мальчика, его могли назвать Долдоном — как бы «наоборот». Эта практика хорошо известна в славянской антропонимии: имя-оберег должно было обмануть нечистую силу, показав ей, что ребёнок никудышный и не представляет интереса.

Фамилия Долдоновы — нечастый случай, когда основа не является ни крестильным именем, ни названием профессии. Это чисто прозвищная фамилия, и её носители, скорее всего, были людьми незнатного происхождения: крестьянами, ремесленниками или посадскими. В дворянских родословных книгах Долдоновы не встречаются, что косвенно подтверждает народное происхождение. Среди однокоренных фамилий можно назвать Долдонин (с суффиксом -ин), а также Долдоновский (с польским или украинским суффиксом -ский), но последний встречается ещё реже.

Точное место возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий в разных регионах России растянулся на несколько столетий. Однако по говорам можно предположить, что глагол «долдонить» был особенно распространён в северных и центральных областях, где сохранились архаичные формы. В любом случае, фамилия Долдоновы — живой памятник народной речи и тех смыслов, которые вкладывали наши предки в прозвища.