Фамилия Долдонов — типичный пример русской модели, где прозвище отца превратили в фамилию сына с помощью суффикса -ов. Основа здесь — прозвище Долдон, которое напрямую связано с глаголом «долдонить». Этот глагол имел два оттенка: «пустословить, говорить лишнее» и «беспрестанно твердить, повторять одно и то же». Первое значение указывало на словоохотливого человека, любителя поговорить не по делу. Второе — на настойчивого, даже занудного, который долбит одно и то же, пока не добьётся своего.

Есть и другая версия, связанная с народными оберегами. В крестьянской среде нередко давали «плохие» прозвища, чтобы отвести от ребёнка злые силы. Надеясь вырастить умного и сдержанного мальчика, родители нарочно называли его Долдоном — якобы для того, чтобы нечистая сила не позарилась на хорошего человека. В таком случае прозвище становилось оберегом, а не характеристикой реального поведения.

Фамилия редкая, с ярко выраженной разговорной окраской. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Долдонов стоит в ряду «характерологических» прозвищ — тех, что описывали манеру речи или поведения. Сравните с однокоренными Долдонихин, Долдонин (с другими суффиксами) — все они восходят к тому же корню.