Фамилия Долженков — один из тех случаев, когда внешность предка стала его вторым именем, а затем и родовой меткой. В основе лежит прозвище Долгий, которое давали высокому, длинному и долговязому человеку. Слово «долгий» в значении «высокий» было распространено не только в русском языке, но и в украинском (довгий) и белорусском (доўгі), что указывает на широкую географию возникновения фамилии.

Особенность фамилии — в её суффиксе. Здесь не стандартное -ов, а более редкий и сложный суффиксальный ряд: -енк-ов. Первая часть (-енк-) типична для украинской и белорусской традиции, где она образует фамилии на -енко (Долженко), означающие «сын Долгого». Когда носитель такой фамилии оказывался в великорусской среде, к ней добавляли ещё один суффикс -ов, чтобы вписать её в привычную русскую модель склонения. Так Долженко превратился в Долженкова. То есть фамилия — гибрид: украинский корень и русская «приставка» для адаптации.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с глаголом «должать» или существительным «долг». В этом случае прозвище Долженок могли дать человеку, который часто брал взаймы или сам раздавал долги. Но эта гипотеза слабее: фамилии от черт характера или привычек обычно образуются напрямую (Должников), а не через уменьшительную форму.

Сравните с однокоренными фамилиями: Долгов, Долгих, Долженко. Долженков стоит особняком — он показывает, что предок был не просто долговязым, а «сыном долговязого», и вдобавок прошёл через смену языковой среды. Носители фамилии встречаются и в России, и на Украине, но чаще — в южных и центральных областях России, куда переселялись украинские крестьяне.