Фамилия Домокеев необычна уже тем, что её основа — редкое каноническое имя Домокей (Дометий, Дометиан). В русской традиции это греческое имя Дометиос дало несколько форм: Домет, Дометий, а в народном произношении — Домокей. Суффикс -ев указывает на типичную модель русских фамилий: «чей сын?» — Домокеев, то есть потомок человека по имени Домокей.

Самый вероятный источник — церковное имя Дометий (от лат. domitus — «укрощённый», «приручённый»). В святцах известен мученик Дометий Персиянин, пострадавший за веру в IV веке. Однако в крестьянской и мещанской среде имя часто переделывали на свой лад: Домокей — это просторечный, «обрусевший» вариант, где греческое окончание -ий заменили на привычное -ей (как Арсений — Арсеней, Евсевий — Евсей). Фамилия Домокеев, таким образом, закрепила именно эту народную форму.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. Встречается в документах по Тамбовской, Рязанской, Воронежской губерниям, реже — на севере. Это указывает на происхождение из среды однодворцев или государственных крестьян, где фамилии часто образовывались от полных, а не уменьшительных имён. Интересно, что в тех же местах бытуют однокоренные фамилии Дометиев, Домоткин, Домников — все они восходят к тому же корню, но через разные производные.

Спорных версий немного. Изредка фамилию пытаются связать с диалектным глаголом «домокать» (докучать, надоедать) или с тюркским «домок» (остановка, привал), но эти гипотезы слабы: во-первых, суффикс -еев типичен для отчеств от церковных имён, а не от нарицательных слов; во-вторых, в говорах нет устойчивого прозвища Домокей со значением «надоедливый». Поэтому основная версия — от имени Домокей — остаётся наиболее обоснованной.

В написании фамилии возможны варианты Домокеев и Домокеев (с ударением на второй или третий слог). Встречается также искажённое Домакеев, но это уже результат аканья в устной речи. Носителям фамилии стоит знать, что их родовая основа — редкое, почти исчезнувшее имя, сохранившееся только в фамилиях.