Фамилия Дойникова образована от прозвища Дойник, в основе которого — глагол «доить». Это так называемое «профессиональное» именование, прямо указывающее на занятие предка: скорее всего, родоначальник Дойниковых держал скот, работал пастухом или был молочником. В русских говорах «дойником» называли не только того, кто доит, но и сам подойник — посуду для молока, так что прозвище могло закрепиться и за человеком, делавшим или продававшим такую утварь.

Менее очевидный, но возможный смысл кроется в переносном значении глагола «доить» — «извлекать выгоду, обирать». В этом случае Дойником могли прозвать хитрого, изворотливого человека, умеющего получить своё. Такая версия не противоречит словообразовательной модели: прозвища от действий по результату — обычное дело в русской ономастике.

Фамилия стоит в женской форме Дойникова, мужской вариант — Дойников. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный. Поскольку основа «Дойник» нецерковная и некалендарная, фамилия сложилась не раньше XV–XVI веков, когда подобные именования начали закрепляться за крестьянскими и посадскими родами.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северных областях России — там, где молочное животноводство было основой хозяйства. Встречаются однокоренные фамилии: Дойников, Дойницын, Дойниченко, но Дойникова стоит особняком благодаря точному совпадению с названием предмета быта — подойника, что делает её происхождение чуть более прозрачным.