Фамилия Дудышева — женская форма фамилии Дудышев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем. Вопреки частому предположению, что в основе лежит музыкальный инструмент «дудка», здесь корень иной. Разбор фамилии показывает, что она образована от прозвища Дудыш, а то, в свою очередь, — от древнерусского нецерковного имени Дуда. Такие имена были распространены на Руси до XVII века: Дуда, Дудка, Дудко. Значение имени восходит к глаголу «дудеть» — издавать глухой, протяжный звук. Прозвище могли дать человеку с характерной медленной речью, монотонным голосом или, наоборот, тому, кто постоянно «дудел» — надоедал разговорами.

Суффикс -ев в фамилии Дудышев указывает на принадлежность: «чей сын?» — Дудышев, то есть сын Дудыша. Форма Дудыш — это уменьшительно-ласкательный или, скорее, пренебрежительный вариант от Дуда (сравните: Гриша от Григорий, но в данном случае без крестильного имени). Модель образования типична для русских фамилий центральных и северных губерний: основа на -ыш, -иш плюс патронимический суффикс. Встречаются однокоренные фамилии Дудкин, Дудков, Дудченко — все они восходят к тому же корню, но через разные суффиксы.

Географически фамилия Дудышевы чаще всего фиксируется в документах по Воронежской, Тамбовской и Рязанской областям, что указывает на рязанско-воронежский диалектный ареал. В этих местах прозвище Дуда и его производные были особенно ходовыми. Социальный состав носителей в XIX веке — преимущественно крестьяне и однодворцы. Дворянских родов с этой фамилией не отмечено, так что предки Дудышевой, скорее всего, были пашенными крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище по поведенческой черте.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «дуда» — «свирель», но для русской ономастики это периферийное объяснение. Основной и надёжный вариант — от славянского личного имени-прозвища.