Фамилия Дудышев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а глагольная форма. Большинство фамилий на -шев образованы от прилагательных или кратких форм (например, Горячев, Молчанов), но здесь корень «дудыш» восходит к древнерусскому глаголу «дудышать» или «дудышити». В диалектах это означало «дышать с присвистом, тяжело, с хрипом». Скорее всего, прозвище Дудыш получил человек с характерным свистящим или хриплым дыханием — возможно, из‑за болезни лёгких, астмы или просто привычки говорить с присвистом.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Дудышев — «сын Дудыша». Модель образования (основа на мягкий согласный + -ев) характерна для северных и центральных говоров, где фамилии от прозвищ на -ыш нередки. В южнорусских и украинских землях ту же основу оформили бы как Дудышенко или Дудышин.

Вторая, менее вероятная версия связывает прозвище с инструментом «дудка»: Дудыш мог быть музыкантом-дудочником или мастером по изготовлению дудок. Но фонетика против этой гипотезы — от «дудка» ожидалось бы Дудкин или Дудочкин, а не Дудыш. У глагольного корня больше оснований, тем более что в тверских и псковских говорах слово «дудыш» фиксировалось именно как обозначение одышки или хрипоты.

Фамилия редкая и географически привязана к зоне северных и среднерусских говоров. Встречается в Тверской, Новгородской и Вологодской областях, а также в Поволжье, куда переселенцы могли принести этот корень. Дворянских родов с такой фамилией нет — это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая в XVI–XVII веках, когда прозвища по физическим особенностям стали закрепляться за целыми семьями.