Фамилия Духина — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище Дух. Слово «дух» в русском языке многозначно, но в фамилии, скорее всего, отразился не религиозный или философский смысл, а конкретное занятие человека. В забайкальских говорах «духами» называли загонщиков — тех, кто гнал зверя на охотника. Прозвище Дух могли дать самому ловкому или шумному участнику облавы, и со временем оно закрепилось за его родом как фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Духина — «дочь или жена Духа». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а, -я (ср. Птицын, Ильин). В данном случае основа «Дух» дала форму Духин, а женский вариант Духина — грамматическая норма.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с еврейской основой. Однако конкретных диалектных или исторических подтверждений этому пока нет, и версия с забайкальским промысловым прозвищем выглядит убедительнее. В любом случае, фамилия Духина — свидетельство того, что прозвище предка, пусть и необычное на современный слух, было для его окружения понятным и точным.